Die Deutsche Schule Málaga finanziert sich über die von den Eltern bezahlten Schulgebühren. Sie erhält zudem die finanzielle und personelle Förderung der Bundesrepublik Deutschland.

Die Eltern zahlen einmalig eine Einschreibegebühr und eine Kaution (eine langfristige Einlage, die beim Verlassen der Schule rückzahlbar ist) sowie die monatlichen Schulgebühren. Die eventuellen zusätzlichen Kosten für Mensa, Schultransport, Schulkleidung, Ausflüge und andere Aktivitäten fallen gesondert an.

Eine Schulgeldermäßigung für Geschwisterkinder aus sozialen Gründen kann auf Antrag für Schülerinnen und Schülern ab ihrem Eintritt in Klasse 1 gewährt werden, sofern mindestens zwei weitere Geschwister die DS Málaga besuchen und die Eltern zudem aufgrund ihrer finanziellen Umstände nicht in der Lage sind, die vollen Schulgebühren für alle Kinder zu zahlen.