El Colegio Alemán de Málaga se financia de las cuotas escolares pagadas por los padres. Además, recibe subvención de la República Federal de Alemania tanto a nivel financiero como personal.

Los padres abonan una única tasa de matrícula y una fianza (un depósito a largo plazo que se devuelve al causar baja en el colegio) así como las cuotas mensuales. Los posibles gastos adicionales para comedor, transporte escolar, uniforme, excursiones/viajes de estudios y otras actividades se cobran por separado.

En determinados casos sociales, el Colegio Alemán de Málaga puede conceder una reducción en las cuotas escolares para alumnas y alumnos desde su ingreso en el curso 1º de Primaria, siempre que asistan como mínimo dos hermanos/hermanas más al colegio y los padres no puedan asumir la totalidad de las cuotas por motivos financieros.